國安會秘書長對國安相關機關有實質指揮監督權限，巡視有關單位完全合法！

1.  國家情報工作法第 22 條規定：「情報機關從事反制間諜工作時，應報請情報機關首長核可後實施，並應將該工作專案名稱報請主管機關核備。但屬反爭取運用者，應經主管機關核可後實施。…….第一項但書情形，應由主管機關報告國家安全會議秘書長，於經最高法院檢察署檢察總長或最高軍事法院檢察署檢察長同意後，由主管機關協調各該情報機關決定案件移送偵辦時機、移送之對象及移送之內容。

2.  國安會秘書長在法律上，並非只是單純的花瓶，至少在國家情報工作法第22條，對於情報機關之工作，具有實質上之權限。國安會秘書長於權限內當然具有業務資訊獲取權，以利就職後行使職權之參考。故不能認為其為純粹幕僚機構。

3.如認為國安會秘書長只是純粹幕僚，那麼當年邱義仁秘書長權傾一世，輔選、軍火樣樣涉及，更為可議，卻未聞民進黨、司改會、大學教授發出諍言。評批者若是立場偏頗，不如不聽其言。